核酸探針 Fitts（1983）等在沙門菌檢測(cè)中引入了*代DNA-RNA雜交技術(shù)，此法應(yīng)用的探針含有用放射性同位素標(biāo)記的傷寒沙門菌DNA片段，其敏感性高，經(jīng)大約48h的增菌步驟后，檢測(cè)極限可達(dá)l08個(gè)／ml，但由于要使用放射性同位素，只能在專門的實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行，因此阻礙了該方法的推廣應(yīng)用。第二代方法依賴于沙門菌核糖體RNA（rRNA）的檢測(cè)。核糖體是細(xì)胞蛋白質(zhì)合成器的一部分，每個(gè)細(xì)菌中存在5000～20000個(gè)復(fù)制體，而相比之下染色體DNA復(fù)制體僅2～10個(gè)。

這種天然富含rRNA標(biāo)靶序列的情況使得無輻射檢測(cè)成為可能，同時(shí)又保持了與放射性同位素方法相當(dāng) 或更高的敏感性。該方法的另一優(yōu)點(diǎn)是由于rRNA為單鏈，雜交前無需經(jīng)過變性步驟。要得到陽性結(jié)果，此法需要105個(gè)／ml（以靶細(xì)胞計(jì)）。對(duì)于沙門菌檢測(cè)來說，無論采取*代還是第二代檢測(cè)方法，都需要進(jìn)行預(yù)增菌和選擇性增菌，總共約50h。核酸探針法比ELISA法更耗時(shí)，但二者成本相近。檢測(cè)一種菌就需要制備一種探針，目前尚未建立所有致病性沙門菌的探針，無論是采用*代還是第二代檢測(cè)方法，要達(dá)到檢測(cè)量還要對(duì)樣品進(jìn)行預(yù)增菌和選擇性增菌，任何一種方法不可能有100％的特異性和敏感性，所以必須考慮假陽性和假陰性的問題。

AOACzui近認(rèn)可了Gene-Trak沙門菌比色分析法，探針的標(biāo)記物為異硫氰酸熒光素（FITC），再用辣根過氧化酶標(biāo)記抗FITC的抗體結(jié)合放大探針，在多聚腺苷酸尾部和多聚胸腺嘧啶侵染棒固相薄膜上雜交，對(duì)239株沙門菌的特異性檢出率為100％，假陽性率為0．8％。